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据介绍，由于桩基施工区域靠近铁轨，为了保证列车运行安全，桩基施工的时间只能利用白天列车行驶间隙，以及晚上11点10分至次日凌晨5点列车停运的时间来进行施工，工期大约是3个月。尽管施工地点距离周边住宅区有一定距离，为了尽量减少夜间施工对居民的影响，指挥部表示将尽量减少下半夜的施工时间。
现在，火车站改扩建工程项目处于第一阶段，这一阶段从去年12月底到2014年2月。在此期间，厦门火车站正常运营。明年春运结束后，厦门火车站将全站封闭，停办客运。届时普速列车将过渡到厦门高崎站发车，而动车则过渡至厦门北站发车。
另外，站南路作为火车站南侧的一条通道，目前仍有公交车、社会车辆通过。但不久之后，站南路也将实行封闭，取而代之的是在工地靠山一侧新修建一条道路。桩基施工工程项目结束后，下一步将进行火车站周边5条地下通道的建设和新股道的铺轨等工程。